砚山县法院内设有政治处、办公室、行装科、司法警察大队、监察室、书记员管理办公室、立案庭、刑事审判庭、刑事审判二庭、民一庭、民二庭、行政庭、审监庭、执行局、研究室、平远法庭、阿猛法庭等17个部门。